Verstärkte Algenbildungen und eine Sedimentationsablagerung in der Höhe von 0,50 m bis 1,80 m haben dazu geführt, dass im Jänner bis Februar 1999 diese Schlammschichten im Flatschacher See und im Vorsee abgetragen wurden. Nach dem Ablassen des Sees im Dezember 1998 wurde der Bodenschlamm mit konventionellen Tieflöffelbaggern profilgerecht abgetragen und mittels Lastkraftwagen abtransportiert. Der Großteil des Schlammes wurde in eine Schottergrube transportiert, wo er zur Humusierung der Böschungen verwendet wurde. Ein Teil des Schlammes diente zur Verbesserung von landwirtschaftlichen Böden und Humusierungen.
Insgesamt wurde Schlamm mit einer Gesamtkubatur von ca. 14.000 m3 entfernt.